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中日韩三国一致认为科技进步与创新是经济发展的基础，未来导向的科技合作将帮助三国解决共同面临的区域问题和挑战。中日韩科技部长会议于2007年起召开。在此机制下，三方进行了中日韩联合研究合作计划，旨在针对全球及东北亚所面临的挑战，例如水循环、灾害防御、环境保护等进行解决方案的研究。在研究机构层面，通过A3前瞻计划，三方共同进行世界一流水平的合作研究以建立亚洲的顶级研究中心。同时，三方开展了中日韩青年科学家研讨会，加强青年科学家间的交流，加速新知识的创造，促进三国的合作。
